税務調査で指摘されやすい点はいくつかありますが、年末調整や源泉徴収漏れなど、源泉所得税に関する調査もその1つです。
ここでは、源泉所得税の概要に加え、税務調査で源泉所得税についてどのような点を見られるのかについてわかりやすく解説します。 源泉所得税を対象にした税務調査も行われております。税務署より源泉税の調査連絡が来た場合は税理士法人松本までお気軽にご連絡ください。

源泉所得税とは

そもそも源泉所得税とは、どのような税金なのでしょうか。

会社が給与所得者に代わって納付する所得税

給与の源泉所得税とは、会社に雇用され、給与の支払いを受けている人が納めるべき所得税について、会社が所定の計算方法により給与から差し引き、国へ納める税金のことです。（この制度は源泉徴収と呼ばれており、源泉徴収された所得税を「源泉所得税」といいます。
令和２年12月31日現在の給与所得者数は、5,928万人となっており、すべての従業員が個々に所得税の手続きをするとなれば、税務署の負担が大きくなってしまいます。
そこで、源泉徴収方式による所得税の納税が採用されているのです。

源泉所得税が税務調査で指摘を受けやすい理由

源泉所得税が税務調査で指摘されやすい理由としては、以下のような点が挙げられるでしょう。
・徴収漏れ
・年末調整での計算ミス
・記載ミスなど

詳しくは次章で説明していきますが、源泉所得税は所定の計算表に基づいて徴収を行ない、年末調整で税額を決定します。そのため、最終的な納税額が適正に計算できていなかったり、従業員の記入ミスや年末調整での添付書類がなかったりするなど、修正が起きやすいのも特徴です。

実際に税務調査が入った場合、具体的に源泉所得税のどの部分が指摘されやすいかについて、更に詳しく見ていきましょう。

税務調査で指摘されやすい源泉所得税のポイント

税務調査で指摘を受けやすい源泉所得税に関する申告には、以下のようなポイントが挙げられます。

年末調整の計算

毎月徴収した源泉所得税について、年末調整を行い申告納付期限までに申告・納税することとなりますが、このときの計算が適正になされているかは、税務調査でチェックされることとなるでしょう。
年末調整の際には、会社から従業員に「給与所得者の扶養控除等（異動） 申告書」などを記入し、提出してもらいます。このときに、従業員が記入した内容が間違っていたり、添付するべき書類が添付されていないのに控除していたりした場合には、税務調査で指摘される可能性が高いでしょう。
また、残業やシフトなどで毎月の給与が変動する場合、税額表に照らして適正な計算がされているかなどもチェックされるでしょう。

経費にしているが給与所得に含まれるもの

会社の経費として計上していても、実際には従業員に支払った給与に該当するような場合には、これも税務調査でチェックされやすいでしょう。
例えば、従業員の個人的な旅行や飲食代などを会社が支払い経費として計上している場合や、備品、消耗品、娯楽費などを経費計上している場合などがそれにあたります。
本来は会社から給与として出すべきものが経費にされていて、源泉所得税の再計算が必要なのではないか、とみなされる可能性があるのです。
この他にも、臨時の賞与や報奨金、退職金などに所得税の課税漏れがあるケースなどが挙げられます。

従業員以外への源泉徴収漏れ

源泉所得税は、従業員へ支払う給与以外にも源泉所得税がかかる支出があります。個人の弁護士や税理士、行政書士などへ報酬を支払った場合は、所得税の源泉徴収が必要です。
この他にも、外注したフリーランスのグラフィックデザイナーやインテリアデザイナー、作曲家などへ報酬を支払った場合も、源泉所得税の徴収が必要となります。（※報酬・料金などの源泉徴収）
上記で挙げたポイント以外にも、非課税限度を超える通勤手当や、非居住者および海外勤務者への支払いについても、一部源泉徴収が必要なケースがあるため注意が必要です。
本当は従業員なのに外注で処理をしているなど、現在の状況にお困りの方は一度税理士法人松本までご相談ください。

源泉所得税の指摘を受けた場合の対処法

まずは税務調査で源泉所得税を指摘される可能性がないか、以下の点を参考にしましょう。

過去の書類や帳簿を見直す

源泉所得税が適正に計算、申告されているかについて、今一度書類や帳簿を見直しましょう。税務調査では、最低3期分まで遡り、まとめて指摘を受ける可能性があります。場合によっては、それ以上前の申告についても調査される場合があるので、5年分は問題がないか見直すようにしましょう。

妥当性が認められるかがポイントに

経費計上分に源泉所得税が課税されるべきとみなされるかどうかは、その支出に経費としての妥当性が認められるかがポイントとなります。
経費については源泉所得税に限らず、架空計上していないかを細かく調査されやすくなっています。
経費だけではなく、業務委託している外注のフリーランスやホステスへの報酬が給与とみなされる可能性や、水増しや架空など不審な人件費としてチェックされるリスクなどもあるでしょう。
いずれにおいても、しっかりと妥当性を証明できる資料や書類、請求書などは保管して、必要に応じて提出できるように管理することが大切です。

税務調査で指摘を受けると手続きが煩雑に

もし源泉所得税について間違いを指摘された場合、修正するとなれば従業員や取引先への影響もあるため、手続きが煩雑になってしまいます。
特に海外との取引については、非居住者や海外勤務の従業員に関する源泉所得税以外に、消費税や法人税の脱税がないかも調査されやすいものです。
取引先や従業員を巻き込むことのないよう、源泉徴収の計算は正確にするよう心がけ、少しでも不安な場合には、税理士に相談してアドバイスを受けるなどして対応するようにしましょう。

まとめ

給与の源泉所得税とは、従業員へ給与を支払う雇用主が所定の税額表をもとに所得税を徴収し、年末調整を経て申告・納税する制度のことです。源泉所得税は税務調査の際に指摘を受けやすい税金となっており、計算が適正か、必要書類は揃っているか、申告漏れや税金逃れの疑いがないかなどが細かく調査されることとなります。
源泉所得税には海外取引や非居住者への支払いなど、適正な申告のために詳細な知識が必要となるケースがあります。不安な場合は税務調査の対応に実績のある税理士へ相談するなどして、間違いのないようにしておきましょう。
こちらの記事は幻冬舎GOLD ONLINEにも掲載されております。